ステージクリアする毎に弾のスピードを徐々に上げるようにします。
ここでは、ステージクリアをレベルによって管理しているので、それを利用します。

StartShot.csを修正します。

using System.Collections;
using System.Collections.Generic;
using UnityEngine;

public class StartShot : MonoBehaviour {

    public float addSpeed;                 //  ここを追加します。加算される係数を設定する。

    // Use this for initialization
    void Start () {
        transform.eulerAngles = new Vector3(0, Random.Range(30, 120), 0);
        gameObject.GetComponent<Rigidbody>().AddForce(transform.forward * (500 + (LevelManager.level * addSpeed)));    <=  ここを修正します。
    }

    // Update is called once per frame
    void Update () {

    }
}